您絕對沒有理由發表一篇論文，其中說：“我們將我們的方法與方法X和Y進行了比較。由於代碼對於X和Y不可用，因此我們盡可能地重新實現了這些方法。這些重新實現的代碼可在補充文件A和B中找到。我們的新方法以X％的方式執行X和Y的重新實現，但是，應注意，不可能重現X的報告結果。和Y。“

想要了解的人將不得不查看您的重新實現，並自行決定是否認為您正確地重新實現了。

高級與它無關，它是透明的，世界將判斷他們是否相信您或不會發布其代碼的人。

人們可能是不誠實的。他們還會犯誠實的錯誤並發表不良科學。不要以為你的成績差。而且不要以為博士委員會不會相信你。如果他們有能力在沒有較早結果的情況下判斷您，那麼他們應該有能力了解您的工作。

但是，我有兩個建議。首先是逐步了解您與顧問和/或另一位最有能力了解您的工作的教員所做的事情。實際上，您可能會獲得最佳結果。如果可以在那裡獲得支持，則更大的委員會應該沒有問題。我認為您不需要隱藏與委員會成員的來信。可能有必要解釋為什麼您不能相信另一篇論文的報導結果。我不認為“機密”在這裡確實適用。

但是另一個要難一些。查看您是否可以準確找出另一組未能將其方法與結果匹配的地方。如果您能做到這一點，那麼您將為自己的工作提供更有力的證據。

您在這裡提到的證據對我（局外人）而言似乎很強大，表明另一篇論文有問題。如果有任何原因，沒有理由不矛盾。

要完成我的學位課程，我需要構建優於現有方法的方法

不，那是不正確的。您需要進行一些適當的科學工作並提高知識水平，而這並不取決於您的發現要指向什麼方向。

當然，如果您的研究成果更簡單，更愉快，實施效果更好。但是，論文的實際科學部分是科學地研究舊方法，然後得出結論是否更好（以及在哪種情況下）。

您遇到的困難是證明與文學的差異並不是由於您的能力不足或缺乏辛勤工作（=>您應得到一個不好的成績），而是由於“性質”不如上一篇論文所預期的那樣。

您可以並且應該報告的是

• 您無法複製論文1 + 2中的發現，
• 重要的是，通過與論文2作者的私下交流以及與您再次從論文1作者那裡收到的（機密）代碼進行比較，您的實施已被確認為正確的

• 如果

  好吧，事實證明他們沒有使用他們在論文中聲明的數據，當然還有他們的結果與我的重新實現不同。

  意味著您獲得了他們實際使用的數據集，並獲得了相同的結果，那麼您還可以報告相關數據集的相同結果
  如果沒有，可能可以問1 + 2號論文的作者，他們是否將運行您發送給他們的數據集並提供其實現的結果，以便您可以將其與您的結果進行比較。然後，您可以報告（希望）在其他數據集上獲得了相同的結果，並感謝那些論文的作者運行您的數據。

最後兩點應該清楚地表明，差異並不是由於您的實現錯誤所致-這對您的論文來說很重要。

作為個人說明，我獲得了最高分我的Diplom（≈Master）論文（除其他發現外）發現我正在使用的軟件實現未達到預期的效果。我能夠指出該錯誤的合理和可能的原因（可能是剩餘的調試“功能”），這對您來說要困難得多，因為您無權訪問其軟件的運行實例。測試（=研究）以形成並確認或消除關於其行為的假設。

作為@Buffy已經解釋的有關發表論文中誠實錯誤的可能性的補充：
作為科學家我們傾向於在已知的邊緣工作。這也意味著我們本來就冒著很高的風險，即（尚未）知道/尚未意識到我們所做工作的重要條件和局限性。
因此，我們也冒著相對較高的風險，我們認為暫時性的概括可能會變成現實。畢竟不是那麼普遍。或我們可能是完全錯誤的，並在以後（或根本沒有意識到）才意識到這一點。我相信人類很難完全意識到我們得出的結論的局限性-可能/可能是因為我們的大腦“過硬地”過度適應了。 （這也使我們在避免過度擬合（例如構建的機器學習模型）方面處於不利的起始位置）

由此得出的結論是，我們在閱讀已發表的論文時也要小心：我們需要保持論文有錯，包含誠實錯誤或不像乍一看那樣直接適用於我們的任務的可能性。

在實施過程中我錯過了一些東西。

當我還從文獻（相關但不同的領域）實現參考方法時，曾經經歷過類似的事情。事實證明，在數據預處理中存在不同的默認值會導致差異-但只有在我有一個聰明的想法嘗試省略預處理步驟之後-儘管模型沒有此步驟在物理上並沒有多大意義，但本文沒有提及任何此類步驟（本領域的許多論文也都沒有使用該步驟，因為出於物理原因，它被認為是必要的。）。

1. 他們並不誠實。
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雖然這當然是可能的，但我已經看到了足夠的誠實錯誤，可以使用 Hanlon剃須刀（我第一次遇到是Murphy的剃須刀。 ）：並且不要承擔欺詐或不當行為，除非有非常強烈的跡象。

證明優越性由於舊文件的限制，這種情況不可能。

例如如果他們基於少量案例報告驗證結果，則這些結果的不確定性可能非常大，因此不能排除該方法比後來真正改進的方法要好。無法以統計上合理的方式展示其優勢。

不過，舊論文的這種缺點並不限制科學內容或工作的進步。

您可以說您使用了競爭方法的實現來獲得結果，並且無法複製已發布的結果。使您的代碼可用，以便人們檢查。

似乎其他論文的作者沒有發布他們的代碼，所以沒有人可以說您應該使用它。

首先，您應該諮詢您的主管。紙張代碼通常匆忙而未完成，在一台機器上運行的代碼可能由於多種原因而無法在另一台機器上運行。最合理的方法是讓您的主管知道您實現了這兩種方法，並與原始作者進行了交流（僅提及非機密事物/說某些事情屬於機密/向作者徵求與您的主管討論實施的許可），但您卻未達到要求的性能。作為高級學術能力，他們更有能力決定對部門/領域/研究團隊的政治進行處理，勢必會從論文的作者那裡得到更快，更詳盡的答复，並在出現任何問題時處理潛在的後果。過程。我不建議您自己去解決此問題，並且如果您對項目中的這一重要內容有疑問，我當然會尋求他們的建議，他們會理解的。

除了其他答案，您還應該考慮發布重新實現。然後，任何審閱者都可以檢查他們是否認為您的結果合理，或者是否發現您的重新實施存在缺陷。

在第一種情況下，正確地說“我們實施了論文X，但無法再現所聲稱的效率”，第二種情況是審閱者發現的缺陷可能會幫助您改善您的實施，所以您可以獲得類似的結果。

大多數審閱者不會調試您的代碼，但是您盡了最大的努力使任何人都可以驗證您對效率較低的主張，至少您的論文盡可能誠實

如果該算法很有趣，則發布一個開放源代碼版本可能會吸引一些用戶，這也指出了您的代碼存在問題（或做出了改進）。但是請確保不要太接近機密代碼，因為原始作者可能會聲稱侵犯了版權。

您可以與其他人一起使用無塵室反向工程，或者至少自己使用給定的方法進行反向工程。代碼來寫下紙張中缺少的部分，然後從文檔而不是代碼中重新實現。