如果作者提供了指向其代碼的鏈接作為參考，則可以提供評論，尤其是如果該文章是基於代碼的。

但是，我建議提出批評。建設性的：提供有關如何改進它的具體建議，而不僅僅是說它是“凌亂”或“草率”，需要“清理”。

該代碼在審查範圍內，應該對此進行審查並針對其缺陷提供建設性的建議。現在，請記住，作者有責任讓他們的論點滿意，如果論點依賴於混亂不堪的計算機代碼，那麼您就不必為他們解決這個問題。在這種情況下，建設性建議可能僅限於解釋為什麼現在難以閱讀（即缺少縮進，變量名不清楚等），並且可以合理地提出修改和重新提交的建議。嘗試在描述為什麼現在難以閱讀的代碼時變得清晰而全面，因此可以預期以後的重新提交將完全由零開始。

在這些情況下，最好的做法是對待就像論文中的散文一樣。就像散文一樣，相對於編碼標準，計算機代碼也必須清晰易懂。如果它是混亂且難以理解的，則需要對其進行修改，直到清楚為止。當散文難以理解時，審稿人不會迴避拒絕論文，因此要求使計算機代碼具有可理解性是完全合理的。

是的，您應該發表評論，甚至可能更多。

您自己說過：

論文中的很多結果在很大程度上取決於計算機計算。 / p>

那麼，用於計算的程序代碼因此是您正在檢查的工作的一部分。如果論文的文本難以閱讀，您是否會認為這是一個缺點？因此，從邏輯上講，代碼也是如此（即使范圍較小）。

此外，如果您對代碼不可讀，儘管數學聽起來不錯，但可能還是有錯誤下。最後，如果您不使用代碼就能知道結果應該是什麼，那為什麼還要使用代碼呢？

因此，如果您覺得混亂不排除要“解析”紙張，請對其進行評論（也許，如果相關的話，可以將其從“強接受”降級為“弱接受”，儘管這可能太苛刻了-取決於具體情況。）

如果您需要閱讀代碼以獲取非常好的結果，您只需不能，那是一個更嚴重的問題。但是在說出“需要修訂”之類的內容之前，請諮詢期刊編輯/程序委員會主席等。

_{注意：我是計算機科學家，所以我的回答可能有些偏頗。另一方面，我寫的是純理論論文，沒有代碼。 sub>}

混亂的代碼會影響可重複性

您嘗試使用鏈接的代碼來再現其結果，但無法做到。儘管您暗示最終可以開發自己的代碼並複制結果，但我認為編寫得不好的代碼會影響可重複性。在計算機編程中，這可能更為重要，因為編程語言不一定具有很長的使用壽命。誰知道50年後岩漿或其他語言是否是常識。

從長遠來看，可重複性是科學工作中最重要的部分。證明只要做一個 a 都會導致 b ，這是可以由任何願意嘗試的人再次證實的事實，這是可以接受進一步科學結果的公理基礎。

如果可重複性很重要，那麼告訴他們清理代碼就沒有錯。坦白說，如果他們的代碼像您描述的那樣糟糕，聽起來作者可能會在幾年後難以理解自己的工作。在這種情況下，通過強迫他們學習一些有關編寫出色代碼的知識，您將對他們有幫助。

讓我簡要介紹一下現有答案中未出現的一個方面。

我的問題是，對我來說告訴作者他們的代碼不必要地難於合理嗎？理解並應加以改進？

是，您應該對代碼進行評論，但不僅限於以下內容：說服作者自己-有興趣解決這些問題。

可讀代碼是易於重用的代碼。可重用代碼是使您可以輕鬆探索本文中介紹的數學的代碼。可探索的數學更有可能讓讀者找到有趣的擴展。有趣的擴展名會被發布，這些出版物會引用原始代碼-而且還會提供一些最有價值的引文。

使代碼具有可讀性和可重用性並不保證一定會發生這種情況。發布不可讀的代碼，您可能會在讀者面前擺出一個人為障礙，後者可能會或可能不會繼續根據您的工作進行進一步的研究，而如果有足夠的此類障礙，那麼該讀者就會轉向其他地方。使代碼具有可讀性是對時間的適度投資，從而大大提高了工作的可擴展性。

當然，這種障礙並不是代碼所獨有的：不清楚數字，糾結的結構，混亂的語法，缺失的引理以及其他各種問題也可能造成類似的障礙，而您作為審閱者的工作包括指出這些問題並幫助作者擺脫它們。代碼沒什麼不同-幫助他們進行改進！

我現在不在學術界，也不是該級別文章/論文的審稿人（理工學院的兼職人員），但我確實對很多編程作業和奇特的技術文檔樣本進行了評分，並且我從事軟件開發以實際付費賬單。

如果論文依賴於所生成的代碼的輸出，那麼該代碼必須是可讀且可理解的-否則，該代碼可能無法執行作者認為的工作，並且其他人無法確認w / o自己重新實現。如果這樣的重新實現相對來說是微不足道的，那麼實際的代碼似乎並不重要，因此我會問為什麼在學術論文中會包含或引用基於規範易於實現的破損代碼。 p>

鑑於您能夠使用自己的算法實現代碼進行驗證，我認為情況並非如此，但應將其考慮在內。任何體面的IDE甚至高級文本編輯器都應該能夠自動設置代碼格式並進行項目範圍的搜索/替換（重構）。金達指出純粹的懶惰。...

作者在文章中提供了鏈接 ，因此該代碼被視為參考或研究的一部分。無論如何，這都會引發問題：

1. 代碼是否已存檔？歸檔代碼的實用方法包括 Zenodo或 figshare。主頁上的代碼與完全沒有代碼一樣好。
2. 代碼是否有許可證？如果不是這樣，那麼它的狀態根本就不明顯。
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作為審閱者，您應該決定做什麼。可能的操作包括：

1. 不要對代碼發表評論。
2. 對代碼發表評論，我稱之為最低要求：要求對代碼進行正確的歸檔和許可
3. 取決於計算機程序在研究中的重要性，需要最小的可讀性，並且作者在程序上提供了一些測試（即，如果某些參數集允許，則程序可以提供已知的分析答案）。
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關於檔案，您可以參考開放式研究軟件雜誌的社論信息。

我是一名軟件工程師，我想從這個角度回答這個問題。大多數代碼本身都不可讀。您需要註釋以記錄子例程調用的數據結構和規範。學者不是軟件工程師，我不希望他們在這方面做專業的工作。當然，這仍然是為了評論軟件的質量。如果不看實際的代碼，我不確定我是否會評論它是不可讀的，因為該文章（根據證詞，足以重現代碼）將被視為程序文檔的一部分。如果程序使用的短名稱與本文中使用的短名稱相同，那沒有問題。缺少縮進並不表示質量低下，而是許多級別。我建議您表達一種難以閱讀的感覺，但是您也不是任何代碼專家，並且可能需要一些軟件工程師來研究它。您知道這是另一種技能。

最重要的是：我在清理代碼方面做得很好，在目的級別上我還不了解。您會驚訝於不同領域的專家的能力。

最重要的是，代碼不是本質，代碼的質量是偶然的，並且不應該以任何方式影響您的決定。

我的理解是作者未提交代碼以供發布，因此該代碼似乎不受您的審查。作者只提供了指向其代碼的鏈接。這就引出一個問題：如果他們只是提供了他們在其他地方發表的作品的參考，您是否會考慮告訴他們 應該得到改善？有人可能會爭辯說，其結果的有效性取決於其代碼的正確性，但他們可以選擇根本不提供對代碼的訪問權限，因為“對這些計算基礎的數學進行了充分的解釋，從而有可能在不進行計算的情況下重現結果。使用作者的代碼”。您，作為審閱者，很難驗證其計算結果，因此超出了您的職責範圍，但這意味著它們的結果確實可重複。

所以我認為您可能會提到他們的代碼很糟糕（雖然顯然是正確的），但這不應影響您對發表/不發表論文的建議。

我不知道有任何科學期刊將其決策基於代碼。是否雜亂與期刊無關。它應該是可複制的應該引起關注，但是我不知道有任何期刊將其作為標準，除了某些社區的一些倡議，例如NIPS，CVPR。在我看來，選擇發布它已經是一種獎勵（在某些情況下，由於組織的規定，甚至甚至不允許人們發布它們）。如果您有任何聲稱該代碼不正確或未按照規定做的聲明，則可能是另一回事了，但是您需要證明這一點。如果您只想對代碼的草率進行評論，我認為您應該澄清您的評論，並強調它不會影響總體審核，我同意先前發表的評論。“使作者相信，解決這些問題的個人利益。”只要知道您對代碼的評論與本文的評論無關即可。另外，即使代碼“亂七八糟”，也不要勸阻那些發布代碼的人。