前一段時間，我花了一些時間在一個從事生物學研究的實驗室工作。在我在那裡的時候，我的主要工作是編寫代碼以對收集到的數據自動執行特定類型的分析，因為它們收集了太多的數據以至於無法手動分析。我做了幾個月的工作，然後繼續做其他事情。
現在，我發現能夠指向一個存在我名字的論文會非常有益。在上面。自然，我希望能在使用該代碼的論文上得到我的名字（因為誰不想為自己的工作獲得更多榮譽）。但是，我不知道生物學論文的標準是什麼，在進行討論之前，我想知道什麼是慣例。另外請注意，我尚未與負責該實驗室的教授或實驗室中的其他任何人討論此主題，所以我不知道他們的想法是什麼。
在論文的作者名單上包括一個對實驗室唯一的貢獻的人，那就是創建了自動分析數據的計算機程序？
科學編輯委員會發布了關於促進科學期刊出版物廉正的白皮書，其中概述了科學期刊的作者和署名研究（請參見報告的2.2）。我建議您首先閱讀本材料，以了解作者身份的一般原則和所需的文稿。白皮書旨在解決的問題之一是“幽靈作者身份”的實踐，在該實踐中，儘管對論文做出了重大貢獻，但投稿人仍未獲得作者信用。它還建議，如果有人對論文做出了貢獻，但還不足以獲得作者身份，則仍應在“致謝”部分中按姓名列出他們。
對於要求具有作者資格，但一般的觀點是，如果某人對論文做出了“實質性貢獻”，則應將該人列為論文的作者。您還可以找到由 ICMJE發布的一組關於作者身份的推薦原則（在醫學期刊中）：
ICMJE建議作者身份基於以下四個標準：
對作品的構思或設計有實質性貢獻；或獲取，分析或解釋作品的數據；並且
為重要的智力內容起草或對其進行批判性修改； AND
要發布的版本的最終批准； AND
對工作的各個方面負責的協議，以確保與工作的任何部分的準確性或完整性有關的問題得到適當調查和解決。
以上原則是由醫學雜誌編輯界聲譽卓著的機構撰寫的。我沒有生物學期刊編輯的任何原始資料，但希望方法上有合理的對應。無論如何，您的編碼工作是否構成對該工作的“重大貢獻”在很大程度上取決於相對於整個論文的貢獻大小，編碼中是否需要任何定製或創新以及您是否做出了貢獻您正在編碼的研究的實際設計，或者只是編碼了其他人已經確定的一組方法/過程。就其本身而言，對研究的分析進行編碼通常不會構成“重大貢獻”，但通常會構成足以值得確認的貢獻。 （儘管這是另一種貢獻，但閱讀 Parker and Berman（1998）可能會有所幫助，該書為從事應用研究的統計學家提出了作者身份的建議。情況，但可能與某人在研究項目中進行編碼工作有相似之處。）
在這種情況下，您將遇到的主要問題是您在進行這項工作之前尚未就紙上的信用進行協商。將來，當您被要求以某種方式為學術論文做出貢獻時，最好與主要作者進行初步討論，就您的貢獻是什麼以及您的認可（如果有）達成協議。會收到。您當然可以嘗試談判事後，但是您可能會發現這更加困難，這取決於所研究的主要作者的態度。無論如何，如果您認為自己的貢獻值得得到論文的正式承認（甚至是合著），我建議您與論文的主要作者聯繫以開始對此進行討論。最好的方法是根據以上文檔（或其他類似研究）中列出的作者身份原則來構造您的請求，以便您可以指向外部目標源來備份您的請求。在缺少一些更直接的文檔的情況下，ICMJE原則應該適用於生物學論文的世界。
其他人已經告訴您：當由使用您的程序的實驗室編寫論文時，這將取決於您對論文主題所做的智力貢獻有多重要。這有兩個“大小”：用於重要智力貢獻的作者身份；如果您的貢獻“僅”是技術性的，則致謝，即您實施了他人開發的分析。
（對於我們來說，很難判斷您的貢獻是值得作者創作，還是僅僅獲得感謝，而無需更多有關該項目的更多細節，這是很難的 strike>。）
但是，到目前為止，還沒有提到第三個選項：引用您的軟件：
能夠指向一個存在我名字的紙。
對於當前的項目來說可能為時已晚，但對於將來的項目，請記住以下幾點：您可以擁有軟件出版物。
第一和第三選項當然要求該軟件在某種程度上是公共的-因此，這將是與該項目的PI討論的事情。
自然，我希望能獲得我的名字在使用該代碼的論文上（因為誰不想為自己的工作獲得更多榮譽）。
然後您可以要求使用該出版物的論文引用該出版物。
這很常見，例如在 R世界中。實際上如此普遍，以至於甚至還有一個函數 citation（）告訴您每個包如何被引用。 （出於引用科學軟件的原因，另請參見例如此處。）
以下是我所涉及的一些軟件包示例，這些示例說明了可能性的範圍：
程序包 softclassval 是屬於完整科學論文的實現：
>引用（“ softclassval”）
要引用軟件包“ softclassval”，請使用：
softclassval-ChemomIntellLabSyst
Claudia Beleites，Reiner Salzer和Valter Sergo：“軟分類的驗證使用部分類成員資格的模型：& Co.的敏感性擴展概念應用於星形細胞瘤組織的分級”，化學計量學和智能實驗室系統，122（2013），12-22，DOI：10.1016 / j.chemolab.2012.12.003，arXiv ：1301.0264，R軟件包版本1.0-20160527， http://softclassval.r-forge.r-project.org。
package hyperSpec 在CRAN和github上公開可用，引用指的是軟件包/手冊：
>引用（“ hyperSpec”）
要引用軟件包“ hyperSpec”，請使用：
Claudia Beleites和Valter Sergo：`hyperSpec：一個處理R中高光譜數據集的軟件包，R軟件包版本0.99-20200114。
https://github.com/cbeleites/hyperSpec
程序包 cbmodels 是我在IPHT工作時放在一起的函數的集合。它沒有開放源代碼許可證（它是“詢問研究所所長”許可證）。我已經沒有了，因此無法在其上調用 citation（），但是我們使用了
C.Beleites，cbmodels，R軟件包版本0.5，2015。
在出版物中。
請注意，版本號也具有科學的可重複性。
@ reinstate-monica已經指出，這些討論最好在工作完成之前進行。但是，如果您在我的實驗室中，對於它的價值，您絕對會是本文的作者。但是..這的確意味著您也希望您在項目上具有智力投入，並準備就整篇文章（包括您沒有參與的部分）提供反饋。但是無論如何，您絕對應該得到承認。我認為前面提到的與應用統計學家的比較是否恰當。
我認為兩個恰當的問題是：1）如果您不做任何貢獻，論文就可以繼續進行嗎？2）如果有人要挑戰您所涉及的論文部分的正確性，任何作者能夠準確地了解發生了什麼，了解流程並就任何可能的錯誤，遺漏和設計決策發表評論。作者列表中的某人應該充分理解過程的每個部分，以對此負責。